Secondo wikipedia, "Il disegno della testa felina della voluta della viola da gamba richiama quello delle teste leonine della sedia del Ritratto di Dona Isabel de Requesens ad indicare un possibile intervento di Giulio Romano".
In effetti il felino in questione dovrebbe essere una leonessa o un cucciolo di leone, che hanno le orecchie tonde, ma la differenza col piombo è comunque relativa, forse solo ascrivibile alla scarsa perizia dell'artigiano.

Le differenze veramente clamorose sono però la testa capelluta di S.Agostino, l'orientamento a sinistra della testa della Santa che per di più non guarda in cielo (come l'estasi dovrebbe imporre), quello della Maddalena, la totale assenza dei due cimbali in basso a destra, la spada di San Paolo.
Le spiegazioni possibili potrebbero essere due:

a) l'artista del piombo non si era fatto un disegno accurato del quadro di Raffaello e ha proceduto a memoria e a invenzione per le parti non dettagliate

b) l'artista del piombo ha usato una stampa o un disegno che ritraeva il quadro di Raffaello ancora incompleto (e diverso) oppure ha visto i cartoni preparatori di Raffaello, poi modificati in corso d'opera.

Sfortunatamente i cartoni originali di Raffaello sono andati perduti, a parte un San Paolo da solo, che non ci aiuta.
Come racconta Wikipedia però, abbiamo un "modello di Giovan Francesco Penni, ripreso nell'incisione dello stesso anno di Marcantonio Raimondi, che attestano entrambi dello stadio iniziale della composizione da cui il dipinto finale si discosta in maniera anche notevole".
Ecco qui l'incisione di Raimondi:

Questo primo stadio della lavorazione raffaellesca è effettivamente molto lontano dal risultato finale, ma col piombo ha qualcosa in comune: l'orientamento del volto della Santa e di Maddalena, l'assenza dei cimbali (ma anche di molti altri strumenti), l'elsa della spada senza riccioli, e risolve pure il problema del cuoio capelluto di S. Agostino, qui nascosto dalla mitra.
Si potrebbe ipotizzare che i cartoni successivi (andati perduti) fossero più vicini al risultato finale, ma ancora con alcune delle caratteristiche che troviamo nel piombo. Ipotesi affascinante ma onestamente è più probabile l'opzione a), una realizzazione approssimativa fatta a memoria.